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從PCR到新型冠狀病毒核酸檢測的思考

水中魚1

<p> 2020年的新型冠狀病毒正在侵襲地球的人類,這個未知的病毒帶給我們很多思考,全球目前正在研究和探討它的來源,疫苗,治療的特效藥等。而中國僅僅用十天就公布了基因序列,核酸檢測作為最敏感檢測手段被檢驗人熟悉。我于是把最近學(xué)到的整理了一下,學(xué)習(xí)的路上無止境!</p><p> 生物學(xué)可以劃分為兩個時代:一個是PCR,一個是沒有PCR時代。PCR也叫聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),就是在體外模擬細(xì)胞體內(nèi)DNA分子復(fù)制的技術(shù),它的發(fā)明人,凱利. 穆利斯,有一次,帶女朋友郊游。突然靠道邊停車,開始演算一種擴(kuò)增方法,每個循環(huán)都可以得到DNA.,都是上一次循環(huán)的二倍,那么循環(huán)10次,DNA就能擴(kuò)增1000倍,循環(huán)30次就能達(dá)到10億倍!于是PCR時代到來了,當(dāng)然最先也沒有人相信他。</p><p> 言歸正傳,我分別介紹PCR需要的材料,1,模板??梢允翘崛〉腄NA,也可以是RNA反轉(zhuǎn)錄形成的CDNA,但是絕對不能是RNA. 2,引物。引物是一對一小段與模板鏈堿基互補配對的DNA分子。進(jìn)行PCR反應(yīng)的過程中必須知道擴(kuò)增片段首尾的堿基序列,DNA聚合酶不能憑空聚合,必須要有游離的3'端。體內(nèi)是RNA復(fù)制,體外卻不可以,因為RNA酶無處不在,所以就需要反轉(zhuǎn)錄或者是DNA了。設(shè)計引物并不困難,除了有一些設(shè)計原則,國家數(shù)據(jù)庫里有現(xiàn)成的引物!3,dNTP,是一種原料,也是高能化合物供能用的。首先要知道ATP,叫三磷酸腺苷,提供細(xì)胞能量的,包括三磷酸基團(tuán),腺嘌呤,五碳糖。d是變成脫氧核糖,N四種堿基。4,耐熱DNA聚合酶,如Taq酶最便宜。最早發(fā)現(xiàn)黃石公園的嗜熱菌中高熱狀態(tài)下仍保持活性。5 ,M2+鎂離子。</p><p><br></p><p> </p> <p>PCR技術(shù)需要90~95度變性,雙DNA氫鍵打開斷開,然后在55~60度復(fù)性,模板與引物結(jié)合,在70~75度延伸,DNA聚合酶引物3’端合成子鏈DNA分子。</p> <p>新型冠狀病毒是有包膜的RNA病毒,RNA病毒容易變異的真正原因是.:RNA聚合酶缺少校正活性。目前核酸檢測大概流程是:患者的鼻咽痰采樣標(biāo)本—提取核酸(現(xiàn)在試劑盒廠家為了滿足市場,基本反轉(zhuǎn)錄酶都加進(jìn)去了)—實時熒光PCR擴(kuò)增。</p><p>這里面實時熒光定量PCR是可以實時監(jiān)測PCR過程中的核酸產(chǎn)量擴(kuò)增產(chǎn)生的DNA分子越多,熒光強度越大,就出出現(xiàn)S型曲線。橫坐標(biāo)是循環(huán)數(shù),縱坐標(biāo)是熒光值。CT值就是達(dá)到某一特定熒光強度的循環(huán)數(shù)。N=N0*2t次方。N代表t個循環(huán)后的核酸數(shù)量,N0代表體系中的模板量。t代表循環(huán)數(shù)。ct值越小,說明體系中最初的模板量越大。</p><p>陰性無ct值或40以上,可疑是在37—40之間,重復(fù)實驗。</p><p>新型冠狀病毒開放讀碼框lab(open reading frame,ORFlab),核殼蛋白(nucleoprotein,N)基因區(qū)域的引物和探針。</p><p>目前的方案中,只有讀出兩個編碼,或者N基因就可以確定陽性。</p><p>因為核酸檢測技術(shù)是成熟的,但是試劑盒開發(fā)時間短,魚龍混雜,實驗室環(huán)境管理,檢測人員自身素質(zhì)等,有可能出現(xiàn)各種各樣的檢測問題,這些都需要多次重復(fù)實驗而獲得更多的經(jīng)驗。</p><p><br></p>